Objectifs
Mercredi 24 janvier 2024, l’Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), les Hospices Civils de Lyon (HCL), l’Agence nationale de la recherche (ANR) et Sanofi ont officiellement lancé la chaire industrielle VIRESP, projet de recherche portant sur le développement de méthodologies, de techniques et d’outils pour l’analyse du risque d’infection et du taux de morbidité des maladies dans différentes populations, mais aussi pour déterminer les bénéfices des programmes de vaccination.
Le projet de recherche VIRESP permettra de développer des méthodologies, des techniques et des outils afin d’analyser le risque d’infection et le taux de morbidité des maladies dans différentes populations, ainsi que de déterminer les bénéfices des programmes de vaccination.
La création de cette nouvelle chaire industrielle s’inscrit pleinement dans la stratégie partenariale public/privé de l’UCBL, des HCL et de Sanofi pour renforcer les collaborations afin de répondre aux grands défis de santé publique dans le domaine de l’infectiologie. L’Agence nationale de la recherche, qui a notamment pour missions de développer, renforcer, et diversifier les relations entre le monde académique et les entreprises, cofinancera la chaire industrielle VIRESP à hauteur d’un million d’euros sur quatre ans.
La valorisation des résultats issus de cette chaire constitue aussi un enjeu majeur pour les partenaires.
La chaire VIRESP assurera par ailleurs la supervision d’un programme de formation de haut niveau et international (Master, doctorat et post-doctorat) pour travailler sur des projets collaboratifs à dimension internationale. L’Université Claude Bernard Lyon 1 sera notamment engagée dans un programme d’échanges d’étudiants avec l’Afrique du sud.
Ce projet s’appuiera sur une équipe multidisciplinaire hautement qualifiée de chercheurs, cliniciens, épidémiologistes, méthodologistes, statisticiens et analystes. Les entrepôts de données de santé et l’expertise auprès de plusieurs partenaires aux niveaux local, national et mondial seront mobilisés afin de fournir :
- Des outils analytiques pour mieux comprendre l’impact des virus respiratoires et l’efficacité des vaccins contre ceux-ci, ainsi que des indications pour améliorer le développement de nouveaux vaccins ;
- Des approches sur les améliorations à apporter aux systèmes actuels de surveillance passive et active des virus dans le but de renforcer la préparation aux pandémies et d’accroître la résilience de l’industrie pharmaceutique ;
- Des moyens d’identifier de meilleures cibles virales pour la recherche et le développement afin de mettre au point des vaccins mieux adaptés aux besoins des populations à risque ;
- Un algorithme permettant d’identifier les menaces d’apparition de nouveaux virus et de surveiller les virus récurrents connus ;
- Un programme de diffusion et de renforcement des capacités axé sur l’épidémiologie, la modélisation, l’analyse avancée de données et la bio-informatique.
- Une supervision des étudiants en Master et en thèse recrutés dans le cadre de la chaire industrielle et contribuer aux programmes de formation localement et à travers le réseau des partenaires du CERP pour accélérer le transfert de connaissances obtenues grâce à ce partenariat public-privé. Cette formation a également vocation à attirer de nouveaux talents parmi lesquels des étudiants étrangers issus d’établissements prestigieux
Publications
Changes in Respiratory Syncytial Virus-Associated Hospitalisations Epidemiology After Nirsevimab Introduction in Lyon, France
Chauvel C, Horvat C, Javouhey E, Gillet Y, Hassenboehler J, Chakra CNA, Ragouilliaux C, Plaisant F, Ploin D, Butin M, Casalegno JS, Nunes MC. Changes in Respiratory Syncytial Virus-Associated Hospitalisations Epidemiology After Nirsevimab Introduction in Lyon, France. Influenza Other Respir Viruses. 2024 Dec;18(12):e70054.
RSV Severe Infection Risk Stratification in a French 5-Year Birth Cohort Using Machine-learning
Horvat C, Chauvel C, Casalegno JS, Benchaib M, Ploin D, Nunes MC; VRS Study Group in Lyon. RSV Severe Infection Risk Stratification in a French 5-Year Birth Cohort Using Machine-learning. Pediatr Infect Dis J. 2024 Sep 1;43(9):819-824.
The genomic evolutionary dynamics and global circulation patterns of respiratory syncytial virus
Langedijk AC, Vrancken B, Lebbink RJ, Wilkins D, Kelly EJ, Baraldi E, Mascareñas de Los Santos AH, Danilenko DM, Choi EH, Palomino MA, Chi H, Keller C, Cohen R, Papenburg J, Pernica J, Greenough A, Richmond P, Martinón-Torres F, Heikkinen T, Stein RT, Hosoya M, Nunes MC, Verwey C, Evers A, Kragten-Tabatabaie L, Suchard MA, Kosakovsky Pond SL, Poletto C, Colizza V, Lemey P, Bont LJ; INFORM-RSV Study Group. The genomic evolutionary dynamics and global circulation patterns of respiratory syncytial virus. Nat Commun. 2024 Apr 10;15(1):3083.
Severe respiratory syncytial virus infection in children: burden, management, and emerging therapies
Mazur NI, Caballero MT, Nunes MC. Severe respiratory syncytial virus infection in children: burden, management, and emerging therapies. Lancet. 2024 Sep 21;404(10458):1143-1156.
Hemagglutinin Stalk-Specific Fc-Mediated Functions Are Associated With Protection Against Influenza Illness After Seasonal Influenza Vaccination
Motsoeneng BM, Dhar N, Nunes MC, Krammer F, Madhi SA, Moore PL, Richardson SI. Hemagglutinin Stalk-Specific Fc-Mediated Functions Are Associated With Protection Against Influenza Illness After Seasonal Influenza Vaccination. J Infect Dis. 2024 Dec 16;230(6):1329-1336.
Post-disappearance scenarios: policy implications following the potential disappearance of B/Yamagata lineage influenza viruses
Del Riccio M, Nunes MC, Cowling BJ, Lina B, McCauley JW, Meijer A, Nohynek H, Boudewijns B, Caini S. Post-disappearance scenarios: policy implications following the potential disappearance of B/Yamagata lineage influenza viruses. Euro Surveill. 2024 Nov;29(45):2400196.
Assessing New York City’s COVID-19 Vaccine Rollout Strategy: A Case for Risk-Informed Distribution
Schwalbe N, Nunes MC, Cutland C, Wahl B, Reidpath D. Assessing New York City’s COVID-19 Vaccine Rollout Strategy: A Case for Risk-Informed Distribution. J Urban Health. 2024 Oct;101(5):923-933.
Changing epidemiology of COVID-19: potential future impact on vaccines and vaccination strategies
Ulrichs T, Rolland M, Wu J, Nunes MC, El Guerche-Séblain C, Chit A. Changing epidemiology of COVID-19: potential future impact on vaccines and vaccination strategies. Expert Rev Vaccines. 2024 Jan-Dec;23(1):510-522.
Survival of bronchopulmonary cancers according to radon exposure.
Dessemon J, Perol O, Chauvel C, Noelle H, Coudon T, Grassot L, Foray N, Belladame E, Fayette J, Fournie F, Swalduz A, Neidhart EM, Saintigny P, Tabutin M, Boussageon M, Gomez F, Avrillon V, Perol M, Charbotel B, Fervers B. Survival of bronchopulmonary cancers according to radon exposure. Front Public Health. 2024 Jan 24;11:1306455.
Epidemiology of community-acquired pneumonia caused by Streptococcus pneumoniae in older adults: a narrative review.
Elias C, Nunes MC, Saadatian-Elahi M. Epidemiology of community-acquired pneumonia caused by S treptococcus pneumoniae in older adults: a narrative review. Curr Opin Infect Dis. 2024 Apr 1;37(2):144-153.
Redefining pandemic preparedness: Multidisciplinary insights from the CERP modelling workshop in infectious diseases, workshop report.
Nunes MC, Thommes E, Fröhlich H, Flahault A, Arino J, Baguelin M, Biggerstaff M, Bizel-Bizellot G, Borchering R, Cacciapaglia G, Cauchemez S, Barbier-Chebbah A, Claussen C, Choirat C, Cojocaru M, Commaille-Chapus C, Hon C, Kong J, Lambert N, Lauer KB, Lehr T, Mahe C, Marechal V, Mebarki A, Moghadas S, Niehus R, Opatowski L, Parino F, Pruvost G, Schuppert A, Thiébaut R, Thomas-Bachli A, Viboud C, Wu J, Crépey P, Coudeville L. Redefining pandemic preparedness: Multidisciplinary insights from the CERP modelling workshop in infectious diseases, workshop report. Infect Dis Model. 2024 Feb 23;9(2):501-518.
SARS-CoV-2 Viral Replication Persists in the Human Lung for Several Weeks after Symptom Onset.
Tomasicchio, M., Jaumdally, S., Wilson, L., Kotze, A., Semple, L., Meier, S., Pooran, A., Esmail, A., Pillay, K., Roberts, R., Kriel, R., Meldau, R., Oelofse, S., Mandviwala, C., Burns, J., Londt, R., Davids, M., van der Merwe, C., Roomaney, A., Kühn, L., … Dheda, K. (2024). SARS-CoV-2 Viral Replication Persists in the Human Lung for Several Weeks after Symptom Onset. American journal of respiratory and critical care medicine, 10.1164/rccm.202308-1438OC. Advance online publication.
Global disease burden of and risk factors for acute lower respiratory infections caused by respiratory syncytial virus in preterm infants and young children in 2019: a systematic review and meta-analysis of aggregated and individual participant data.
Wang X, Li Y, Shi T, Bont LJ, Chu HY, Zar HJ, Wahi-Singh B, Ma Y, Cong B, Sharland E, Riley RD, Deng J, Figueras-Aloy J, Heikkinen T, Jones MH, Liese JG, Markić J, Mejias A, Nunes MC, Resch B, Satav A, Yeo KT, Simões EAF, Nair H; Respiratory Virus Global Epidemiology Network; RESCEU investigators. Global disease burden of and risk factors for acute lower respiratory infections caused by respiratory syncytial virus in preterm infants and young children in 2019: a systematic review and meta-analysis of aggregated and individual participant data. Lancet. 2024 Feb 14:S0140-6736(24)00138-7.
Évènements
Atelier sur les tableaux de bord de surveillance internationale des virus respiratoires
(31 Mars au 1er Avril 2025)
Le Centre d’Excellence en Pathogènes Respiratoires a organisé un workshop à Lyon (La Doua, Université Lyon 1) les 31/03 et 01/04 dédié aux
« Tableaux de bord de surveillance internationale des virus respiratoires ».
Durant ces 2 jours, la volonté était de représenter ceux qui construisent et ceux qui utilisent les tableaux de bords afin d’avoir une vision complète de ces tableaux de bord de surveillance internationale des virus respiratoires.
- Jour 1 : Ceux qui construisent les tableaux de bords
Nick Bundle (ECDC)
Presentation of The European Surveillance System (TESSy) and the European Respiratory Virus Surveillance Summary (ERVISS)
Jeremy Herring (Public Health Ontario)
Public Health Ontario and the Ontario Respiratory Virus Tool
Jean-Sébastien Casalegno (HCL)
Presentation of BEHcl
Nivel team
Presentation of FluCov
ReSViNet team
Presentation of ReSViNet
Aby Ba Diallo (CERP)
Presentation of EpiLive
Robin Durand (Teamwork)
EpiLive: from the developer point of view
Cédric Mahé (Sanofi)
Presentation of Aiolos
Katharina Lauer (AirFinity)
Forecasting the Flu-ture – From achoo to action
- Jour 2 : Ceux qui utilisent les tableaux de bords
Siddhi Hirves (WHO)
What information does the WHO look for in dashboards on Flu, RSV and COVID?
Anna Maisa (Santé Publique France)
What standards do public health authorities set for surveillance of acute respiratory infections?
Alexandre Descamps (Direction générale de la Santé)
What does the Ministry of Health seek for in dashboards? When is a dashboard a good dashboard?
Bronke Boudewijns (Nivel Institute)
Expert consultation: IVPP surveillance paper
Adrienne Halley and Caroline Schneeberger (Nivel Institute)
Who are the users of the dashboards and what do they need? Important questions to ask.
Marco del Riccio (Department of Health Sciences, University of Florence)
Saverio Caini (Institute of Cancer Research and Prevention, Florence)
From data to outputs to Insights: A journey toward dashboard building
Cédric Mahé (Sanofi)
What does industry seek for in dashboards on Flu, RSV and COVID?
Katharina Lauer (AirFinity)
Sick of surprises? Smarter insights for safer populations
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Les différentes présentations ont été rassemblées au sein d’une playlist YouTube disponible ci-dessous :
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