Chaire industrielle VIRESP


Objectifs

Mercredi 24 janvier 2024, l’Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), les Hospices Civils de Lyon (HCL), l’Agence nationale de la recherche (ANR) et Sanofi ont officiellement lancé la chaire industrielle VIRESP, projet de recherche portant sur le développement de méthodologies, de techniques et d’outils pour l’analyse du risque d’infection et du taux de morbidité des maladies dans différentes populations, mais aussi pour déterminer les bénéfices des programmes de vaccination.

Le projet de recherche VIRESP permettra de développer des méthodologies, des techniques et des outils afin d’analyser le risque d’infection et le taux de morbidité des maladies dans différentes populations, ainsi que de déterminer les bénéfices des programmes de vaccination.
La création de cette nouvelle chaire industrielle s’inscrit pleinement dans la stratégie partenariale public/privé de l’UCBL, des HCL et de Sanofi pour renforcer les collaborations afin de répondre aux grands défis de santé publique dans le domaine de l’infectiologie. L’Agence nationale de la recherche, qui a notamment pour missions de développer, renforcer, et diversifier les relations entre le monde académique et les entreprises, cofinancera la chaire industrielle VIRESP à hauteur d’un million d’euros sur quatre ans.
La valorisation des résultats issus de cette chaire constitue aussi un enjeu majeur pour les partenaires.
La chaire VIRESP assurera par ailleurs la supervision d’un programme de formation de haut niveau et international (Master, doctorat et post-doctorat) pour travailler sur des projets collaboratifs à dimension internationale. L’Université Claude Bernard Lyon 1 sera notamment engagée dans un programme d’échanges d’étudiants avec l’Afrique du sud.
Ce projet s’appuiera sur une équipe multidisciplinaire hautement qualifiée de chercheurs, cliniciens, épidémiologistes, méthodologistes, statisticiens et analystes. Les entrepôts de données de santé et l’expertise auprès de plusieurs partenaires aux niveaux local, national et mondial seront mobilisés afin de fournir :

  1. Des outils analytiques pour mieux comprendre l’impact des virus respiratoires et l’efficacité des vaccins contre ceux-ci, ainsi que des indications pour améliorer le développement de nouveaux vaccins ;
  2. Des approches sur les améliorations à apporter aux systèmes actuels de surveillance passive et active des virus dans le but de renforcer la préparation aux pandémies et d’accroître la résilience de l’industrie pharmaceutique ;
  3. Des moyens d’identifier de meilleures cibles virales pour la recherche et le développement afin de mettre au point des vaccins mieux adaptés aux besoins des populations à risque ;
  4. Un algorithme permettant d’identifier les menaces d’apparition de nouveaux virus et de surveiller les virus récurrents connus ;
  5. Un programme de diffusion et de renforcement des capacités axé sur l’épidémiologie, la modélisation, l’analyse avancée de données et la bio-informatique.
  6. Une supervision des étudiants en Master et en thèse recrutés dans le cadre de la chaire industrielle et contribuer aux programmes de formation localement et à travers le réseau des partenaires du CERP pour accélérer le transfert de connaissances obtenues grâce à ce partenariat public-privé. Cette formation a également vocation à attirer de nouveaux talents parmi lesquels des étudiants étrangers issus d’établissements prestigieux
Publications

Il n’y a pas encore de publications issues des projets de la Chaire industrielle VIRESP. Ci-dessous quelques publications des membres de l’équipe du CERP.

Toutes les publications du CERP sont visibles au niveau de l’onglet « publications » du site.

Chauvel C, Horvat C, Javouhey E, Gillet Y, Hassenboehler J, Chakra CNA, Ragouilliaux C, Plaisant F, Ploin D, Butin M, Casalegno JS, Nunes MC. Changes in Respiratory Syncytial Virus-Associated Hospitalisations Epidemiology After Nirsevimab Introduction in Lyon, France. Influenza Other Respir Viruses. 2024 Dec;18(12):e70054.

Nunes MC, Chauvel C, Raboni SM, López-Labrador FX, Andrew MK, Badar N, Baillie V, Bal A, Baral K, Baumeister E, Boutros C, Burtseva E, Coulibaly D, Cowling B, Danilenko D, Dbaibo G, Destras G, Dia N, Drăgănescu AC, Giamberardino HIG, Gomez-Camargo D, Josset L, Koul PA, Kyncl J, Laguna-Torres VA, Launay O, Nugyen LBL, McNeil S, Medić S, Mira-Iglesias A, Mironenko A, Nitsch-Osuch A, Orrico-Sánchez A, Otieno NA, Regue H, Ruiz-Palacios GM, Salah AB, Salman M, Săndulescu O, Simon V, Sominina A, Sordillo E, Tanriover MD, Unal S, van Bakel H, Vanhems P, Zhang T, Commaille-Chapus C, Hunsinger C, Bresee J, Lina B, McCauley JW, Ortiz JR, Viboud C, Zhang W, Torcel-Pagnon L, Mahe C, Chaves SS. The Global Influenza Hospital Surveillance Network: A Multicountry Public Health Collaboration. Influenza Other Respir Viruses. 2025 Mar;19(3):e70091.

Abou Chakra CN, Blanquart F, Vieillefond V, Enouf V, Visseaux B, Haim-Boukobza S, … Nunes MC; RELAB study group; Bal, A. (2025). Vaccine Effectiveness Dynamics against Influenza and SARS-CoV-2 in Community-tested Patients in France 2023-2024. Emerging Microbes & Infections.

Blanquart F, Vieillefond V, Visseaux B, Abou Chakra CN, Nunes MC, Jacques A, Haim-Boukobza S, Josset L, Wehrle V, Deleglise G, Duret T, Rameix-Welti MA, Lina B, Enouf V; RELAB study group; Bal A. Influenza vaccine effectiveness against detected infection in the community, France, October 2024 to February 2025. Euro Surveill. 2025 Feb;30(7):2500074.

Chauvel C, Horvat C, Javouhey E, Gillet Y, Hassenboehler J, Chakra CNA, Ragouilliaux C, Plaisant F, Ploin D, Butin M, Casalegno JS, Nunes MC. Changes in Respiratory Syncytial Virus-Associated Hospitalisations Epidemiology After Nirsevimab Introduction in Lyon, France. Influenza Other Respir Viruses. 2024 Dec;18(12):e70054.

Horvat C, Chauvel C, Casalegno JS, Benchaib M, Ploin D, Nunes MC; VRS Study Group in Lyon. RSV Severe Infection Risk Stratification in a French 5-Year Birth Cohort Using Machine-learning. Pediatr Infect Dis J. 2024 Sep 1;43(9):819-824.

Nunes MC, Thommes E, Fröhlich H, Flahault A, Arino J, Baguelin M, Biggerstaff M, Bizel-Bizellot G, Borchering R, Cacciapaglia G, Cauchemez S, Barbier-Chebbah A, Claussen C, Choirat C, Cojocaru M, Commaille-Chapus C, Hon C, Kong J, Lambert N, Lauer KB, Lehr T, Mahe C, Marechal V, Mebarki A, Moghadas S, Niehus R, Opatowski L, Parino F, Pruvost G, Schuppert A, Thiébaut R, Thomas-Bachli A, Viboud C, Wu J, Crépey P, Coudeville L. Redefining pandemic preparedness: Multidisciplinary insights from the CERP modelling workshop in infectious diseases, workshop report. Infect Dis Model. 2024 Feb 23;9(2):501-518.

Évènements

Atelier sur les tableaux de bord de surveillance internationale des virus respiratoires
(31 Mars au 1er Avril 2025)

Le Centre d’Excellence en Pathogènes Respiratoires a organisé un workshop à Lyon (La Doua, Université Lyon 1) les 31/03 et 01/04 dédié aux
« Tableaux de bord de surveillance internationale des virus respiratoires ».

Durant ces 2 jours, la volonté était de représenter ceux qui construisent et ceux qui utilisent les tableaux de bords afin d’avoir une vision complète de ces tableaux de bord de surveillance internationale des virus respiratoires.

  • Jour 1 : Ceux qui construisent les tableaux de bords

Nick Bundle (ECDC)
Presentation of The European Surveillance System (TESSy) and the European Respiratory Virus Surveillance Summary (ERVISS) 

Jeremy Herring (Public Health Ontario)
Public Health Ontario and the Ontario Respiratory Virus Tool

Jean-Sébastien Casalegno (HCL)
Presentation of BEHcl   

Nivel team
Presentation of FluCov 

ReSViNet team
Presentation of ReSViNet

Aby Ba Diallo (CERP)
Presentation of EpiLive

Robin Durand (Teamwork)
EpiLive: from the developer point of view

Cédric Mahé (Sanofi)
Presentation of Aiolos  

Katharina Lauer (AirFinity)
Forecasting the Flu-ture – From achoo to action

  • Jour 2 : Ceux qui utilisent les tableaux de bords

Siddhi Hirves (WHO)
What information does the WHO look for in dashboards on Flu, RSV and COVID?            

Anna Maisa (Santé Publique France)
What standards do public health authorities set for surveillance of acute respiratory infections?

Alexandre Descamps (Direction générale de la Santé)
What does the Ministry of Health seek for in dashboards? When is a dashboard a good dashboard?

Bronke Boudewijns (Nivel Institute)
Expert consultation: IVPP surveillance paper     

Adrienne Halley and Caroline Schneeberger (Nivel Institute)
Who are the users of the dashboards and what do they need? Important questions to ask.        

Marco del Riccio (Department of Health Sciences, University of Florence)
Saverio Caini (Institute of Cancer Research and Prevention, Florence)

From data to outputs to Insights: A journey toward dashboard building 

Cédric Mahé (Sanofi)
What does industry seek for in dashboards on Flu, RSV and COVID?

Katharina Lauer (AirFinity)
Sick of surprises? Smarter insights for safer populations           

  • Les différentes présentations ont été rassemblées au sein d’une playlist YouTube disponible ci-dessous :

Partenaires